Princip dezinfekcije natrijevog hipoklorita uglavnom uključuje tri aspekta:
Hipokloričasta kiselina nastaje hidrolizom, a hipokloričasta kiselina se dalje razgrađuje i stvara novi ekološki kisik. Snažno oksidirajuće svojstvo novog ekološkog kisika denaturira tvari kao što su proteini na bakterijama i virusima, čime se ubijaju patogeni mikroorganizmi.
Hipoklorna kiselina može prodrijeti u bakterije (viruse) i reagirati s organskim polimerima kao što su bakterijski (virusni) proteini, nukleinske kiseline i enzimi, ubijajući tako patogene mikroorganizme.
Kloridni ioni koje proizvodi hipoklorična kiselina mogu značajno promijeniti osmotski tlak bakterija i virusa, uzrokujući gubitak aktivnosti i umiranje njihovih stanica.