Održavanje čistoće bazena ključno je za sprječavanje širenja bolesti, izbjegavanje nezgoda i sprječavanje infekcija. Preporuča se provesti sveobuhvatno čišćenje bazena barem jednom tjedno, posebno u sezoni česte uporabe. Redovito čišćenje ne uključuje samo pranje filtarskih kuglica, već i provjeru kvalitete vode, čišćenje zidova i poda bazena i ostale opreme poput pumpi i sustava za filtriranje.