Osim štetnih tvari, u kanalizaciji se nalaze i bezbrojne bakterije i virusi. Stoga se dezinfekcija klorom naširoko koristi za uništavanje bakterija i virusa u vodi tijekom faze ispuštanja vode iz slavine i postrojenja za pročišćavanje otpadnih voda.
U obradi industrijske cirkulirajuće rashladne vode, klor se također koristi za sterilizaciju i uklanjanje algi. U procesu cirkulacije rashladne vode, zbog isparavanja dijela vode, hranjive tvari u vodi se koncentriraju, a bakterije i drugi mikroorganizmi će se razmnožavati u velikim količinama i lako stvarati sluzavu prljavštinu. Previše muljaste prljavštine dovest će do začepljenja cijevi i korozije.
Kloriranje obično uključuje ubrizgavanje klora u vodu kako bi se ubile bakterije i drugi mikroorganizmi, obično u kloru u bocama.
Kako bi se održao baktericidni učinak, rezidualni klor treba uvijek održavati na {{0}}.5 ~ 1mg/L u ispuštenoj vodi i na kraju vodoopskrbne mreže na 0 0,05 ~ 0,1 mg/L.